Ubatuba começa a aparecer na História do Brasil com o nome de Aldeia de Iperoig, nos relatórios do missionário José de Anchieta ao Provincial da Ordem dos Jesuítas, contando sobre os conflitos existentes na região.
Os índios tupinambá foram os primeiros habitantes da região, eram excelentes canoeiros, até que, com a chegada dos portugueses e franceses que tentaram dominá-los e ficar com a terra, os tupiniquim se aliaram aos portugueses e se tornaram os maiores inimigos dos tupinambá.
Os tupinambás de Iperoig se organizaram para defender a terra, formando a CONFEDERAÇÃO DOS TAMOIOS (tamoio: Os mais antigos da terra) e passaram a enfrentar os estrangeiros (portugueses e franceses). Em 1563, os jesuítas Manoel da Nóbrega e José de Anchieta partiram de São Vicente com destino a Aldeia de Iperoig com missão de pacificar os índios. Como os Confederados Tamoios desconfiaram da palavra dos portugueses, Anchieta ficou preso durante vários meses, enquanto Nóbrega voltou a São Vicente para finalizar o Tratado de Paz que passou a figurar na História do Brasil como “A PAZ DE IPEROIG” (Primeiro Tratado de Paz, firmado nas Américas). Anchieta enquanto prisioneiro escreveu na areia da Praia de Iperoig, o célebre “POEMA À VIRGEM”, com 4.072 versos em latim.
Com a paz restabelecida, o Governador Geral do Rio de Janeiro, tomou providências para colonizar a área, com a intenção de assegurar a posse para a colônia de portugueses. A aldeia foi elevada a categoria de Vila em 28/10/1637 com o nome de VILA NOVA DA EXALTAÇÃO À SANTA CRUZ DO SALVADOR DE UBATUBA.
No entanto Ubatuba começou a ser colonizado em 1600 por Inosenso de Unhate, Miguel Gonçalves, Gonçalo Correa de Sá e seu irmão Martim de Sà. Mais tarde a Donatária da Capitania, Mariana Souza Guerra - a Condessa de Vimieiro, doou a sesmaria a Maria Alves que não podendo colonizar passou o registro das terras em 1610 para Jordão Homem da Costa, construindo a Capela de Nossa Senhora da Conceição continuando a colonização da Aldeia de Iperoig, que em 1637 foi elevada a Vila, com o nome de Exaltação à Santa Cruz do Salvador de Ubatuba. Durante o século XVII, a produção agrícola cresceu e a Baía de Ubatuba se transformou no mais movimentado Porto da Capitania de São Vicente. No entanto, a Vila de Ubatuba pertencia à jurisdição do Rio de Janeiro, até que uma ordem do Rei subordinou a São Paulo.
Com esse ato, Bernardo José de Lorena, governador da Capitania de São Paulo, tinha poderes para manipular o controle do Porto, em 1789, esse governo determinou que “toda e qualquer exportação só poderia ser feita pelo Porto de Santos e diretamente ao Reino”. Essa ordem causou grande impacto na agricultura e cultivo foi o início da “primeira decadência do município”.
Melo de Castro e Mendonça, sucessor de Bernardo José de Lorena, ao tomar posse em 28 de junho de 1797, logo procurou averiguar a razão das queixas dos habitantes do Litoral.

Verificou que a proibição da exportação era realmente um entrave a economia de Ubatuba, concedendo em 28 de setembro de 1798, a liberdade de comércio e livre exportação.
De 1800 a 1890 Ubatuba teve o privilégio de ser uma cidade rica, por três vezes a arrecadação do município superou a de São Paulo, o motivo foi à reabertura do Porto. Os ricos exportadores voltaram a reativar seus negócios, nesse período foram construídos os mais imponentes prédios, casas de comércio, escritórios de exportação e luxuosas residências, evidenciando o teatro, onde atualmente funciona o Fórum da Comarca.
Ubatuba chegava ao apogeu econômico e a euforia chegou a ponto dos exportadores planejarem uma ferrovia para modernizar o Porto e fazer concorrência com Santos e Rio de Janeiro e atender os agricultores do Sul de Minas. Mas a pressão dos concorrentes dos outros Portos fez com que o governo decretasse a primeira moratória do Brasil, par impedir a construção.
Os ricos mudaram de cidade, ficaram os pobres e pequenos comerciantes vendo os imponentes sobrados sendo destruídos pelo abandono. . Uma tentativa de se construir uma ferrovia entre Taubaté e Ubatuba foi vista com muita esperança, mas a proposta fracassou. A população diminuiu em duas mil pessoas. A estrada da serra ficou praticamente desativada e o tráfego marítimo foi reduzido a um navio de dez em dez dias, no caminho entre Santos e Rio de Janeiro. Ubatuba voltava ao isolamento, não havendo estrada terrestre ao longo do litoral, com toda a comunicação sendo realizada através de canoas.
Somente em 21 de abril de 1933 houve uma nova esperança. Era o engenheiro mariano Montesanti que descia a serra no seu carro inaugurando a estrada que construiu, ligando o município a Taubaté por rodovia, o que despertou uma nova etapa na História de Ubatuba.
Em 1948 conquistou a categoria de Estância Balneária,em 1950 os taubateanos iniciaram a construção de casas de veraneio e obteve um impulso em 1964, quando o industrial e mecenas Francisco Matarazzo Sobrinho (o Ciccillo Matarazzo) foi eleito prefeito da cidade, e buscou seu desenvolvimento, convocando arquitetos e paisagistas, constituindo uma arquitetura com proporções bem resolvidas, simplicidade construtiva, linhas harmoniosas e respeito ao clima e ao meio ambiente.
Hoje Ubatuba resgata seu passado na cultura caiçara, nas ruas, nas festas de origem portuguesa e nos edifícios históricos, revelando seu potencial como Estância Balneária para o Turismo.
OBS.: Em 1637 a então Aldeia de Iperoig se tornou Vila com o nome de Vila da Exaltação à Santa Cruz do Salvador de Ubatuba. Em 1855 se tornou Comarca de Ubatuba e em 1944 à Estância Balneária. (Dados coletados com o Historiador Edson da Silva).